要實現真正意義上的電子政務，達到信息完全共享和交換，必須解決橫亙在部門之間的互聯互通問題。
 
　　互聯互通分為兩個方面：橫向的互聯互通和縱向的互聯互通。橫向的互聯互通指同一級別的不同政府，或同一政府下不同的政府部門之間的信息共享；縱向的互聯互通指本級政府和下級政府之間的，或同一系統內的上下級之間的信息共享，例如全國工商系統的互聯互通問題。
 
　　互聯互通的普遍性:

　　就目前狀況來看，我國“普遍存在著縱強橫弱的現象——所謂縱強就是部門的系統做得比較強，而橫向的互聯互通存在著局部的信息孤島”。中國電子政務投資絕大部分在縱向垂直領域。<電子政務的最終目的是信息能夠跨時間、空間和部門而流通，做到政務公開，增加政府透明程度，建成一個精簡、高效、廉潔、公平的政府運作模式。如果不能互聯互通，再多再好的電子政務項目也形同虛設。因此，要想電子政務工程效益得到真正的發揮和成熟的發展，重要的就是要分析、解決互聯互通問題。

      互聯互通的瓶頸

　　要把政府之間、上下左右之間獨立的系統連接起來，并不是一件容易的事情。首先，系統上馬之前，原本就沒有一個整體協調的戰略方案，沒有考慮到技術上的兼容性，也沒有考慮軟件的通用程度。往往是同一個數據，不同的政府部門會用不同的編碼去描述，數據庫系統的分類和功能也不盡相同，有些連基本的應用平臺和環境都不統一。但技術問題并不是不可跨越的。實際上，更多的困擾往往是在技術問題得到解決之后，互聯互通仍然可望而不可及。到底什么是導致互聯互通不成功的真正原因？研究表明，比技術更重要的是體制原因。首先是由于信息尋租，即政府部門利用行政管制和法律等手段來人為限制信息自由流動以維護其既得利益。<假如說原來網下依靠人工手段要實現政府的信息共享成本太高，那么通過網絡共享信息的邊際成本已經越來越低(僅有一些維護成本)，但為什么信息依然無法實現共享？一大障礙就在部門分割的信息尋租。其次是來自于官員自身的政治激勵。中國政府官員的選拔體制是典型的錦標賽模型(tournament model)，錦標賽模型是一種橫向相對業績比較的激勵形式，每個代理人所得只依賴于他在所有人中的排名，而與他的絕對表現無關。在這種模型下，第一名會獲得巨大獎品，而第二名的所得會與第一名相差很遠，這樣就加劇了代理人之間的競爭的激烈程度，代理人之間的合作可能性很小。自上而下的官員選拔機制，就是這種錦標賽模型。電子政務所涉及的網絡技術和政務重組均是不確定性很大的事物，甚至包括政策預期的不確定性風險。互聯互通不僅僅指政治系統內部能夠達成互聯互通，更包括政府與公眾之間達成互聯互通。更好的為“以民為本”、“人民機關為人民”等等政治承諾的實現。